Le projet de loi de finances 2026, définitivement adopté le 2 février, maintient le seuil JEI à 20 % mais réduit les crédits France 2030 de 1,1 milliard d'euros. Si l'écosystème startup salue la préservation des dispositifs clés, il dénonce un manque d'ambition face à la concurrence européenne.
Après quatre mois d'examen parlementaire mouvementé, le projet de loi de finances 2026 a été définitivement adopté le 2 février 2026 par l'Assemblée nationale, qui a rejeté deux motions de censure. Le texte vise un déficit public de 4,4 % du PIB, contre 5,4 % en 2025, dans un contexte de dette publique dépassant 118 % du PIB.
Pour l'écosystème français de l'innovation, ce budget est scruté avec attention : il détermine le sort des dispositifs fiscaux qui soutiennent 16 000 startups et 1,45 million d'emplois. Entre préservation de certains acquis et réduction de crédits stratégiques, le PLF 2026 dessine un équilibre précaire entre rigueur budgétaire et ambition industrielle.
Principale victoire de l'écosystème : le seuil d'éligibilité au statut de Jeune Entreprise Innovante (JEI) reste fixé à 20 % des charges consacrées à la recherche et développement. Une hausse à 25 %, initialement envisagée à l'automne 2025, a été écartée. Cette décision évite l'exclusion involontaire de centaines de startups en situation limite.
Le dispositif JEI a également été prolongé de trois années supplémentaires, jusqu'à fin 2028. Les exonérations de taxe foncière et de cotisation foncière des entreprises (CFE) sont maintenues, tout comme les taux de réduction fiscale : 30 % pour les JEI standard, 50 % pour les JEIR (entreprises en rupture) et 40 % pour les JEII (innovation à impact).
Le programme France 2030, lancé en 2021 avec une enveloppe de 54 milliards d'euros sur dix ans, subit une réduction de 1,1 milliard d'euros de crédits de paiement pour 2026. Cette coupe s'ajoute aux 500 millions d'euros annulés en 2025 et au milliard retiré par le Sénat en décembre 2025.
Selon l'amendement gouvernemental du 23 janvier, cette réduction « lisse la trésorerie du plan d'investissement et préserve la capacité d'intervention de France 2030 en 2026 ». Les projets déjà contractualisés, représentant environ 4,2 milliards d'euros, restent financés. En revanche, la marge de manœuvre pour de nouveaux engagements est considérablement réduite.
Le dispositif IR-PME (anciennement dispositif Madelin), qui permet aux particuliers de bénéficier d'une réduction d'impôt de 25 % sur leurs investissements en PME, est désormais réservé aux seules entreprises éligibles au statut JEI à compter de 2026.
Cette restriction pénalise les startups en phase de commercialisation qui ne remplissent plus les critères JEI (notamment le seuil de 20 % de dépenses R&D). Pour ces entreprises, l'accès au capital privé via le dispositif Madelin devient impossible, alors même qu'elles ont besoin de financement pour leur développement.
Le crédit d'impôt recherche (CIR), pierre angulaire du soutien à l'innovation en France, demeure inchangé. Les taux (30 % des dépenses R&D jusqu'à 100 millions d'euros), les conditions d'éligibilité et les modalités de traitement sont préservés.
Deux modifications proposées en cours d'examen ont été abandonnées : la réintégration du bonus « jeune docteur » et l'éligibilité des dépenses de brevet. Selon France Digitale, ces améliorations auraient permis de « recruter des chercheurs sur des marchés concurrentiels plus coûteux tout en retenant les talents français ».
Le PLF 2026 crée le statut JEII (JEI à Impact), destiné aux PME de l'économie sociale et solidaire qui consacrent entre 5 % et 20 % de leurs charges à la recherche. Ces entreprises bénéficieront d'une réduction Madelin renforcée de 40 % et de remboursements immédiats de CIR, CII et CICo.
Le crédit d'impôt collaboratif (CICo), qui couvre 50 % des dépenses facturées par des organismes de recherche publics, est prolongé jusqu'au 31 décembre 2028. Le crédit d'impôt industrie verte (C3IV) est également étendu jusqu'à fin 2028, avec un assouplissement des conditions (suppression du seuil de 50 % de chiffre d'affaires sectoriel).
Enfin, les seuils d'éligibilité aux BSPCE (bons de souscription de parts de créateur d'entreprise) sont assouplis : 15 % de détention pour les personnes physiques (contre 25 % auparavant) et 75 % pour les filiales (contre 85 %), élargissant l'accès dans les groupes structurés.
Le PLF 2026 illustre la tension entre impératif de réduction du déficit et nécessité de soutenir l'innovation. Avec des dépenses de l'État limitées à +0,6 % hors inflation et un déficit ramené à 4,4 % du PIB, le gouvernement a dû opérer des arbitrages difficiles.
L'écosystème startup a été relativement épargné comparé à d'autres secteurs. Le maintien du seuil JEI à 20 %, après des mois de lobbying intense, représente une victoire significative. Les prolongations des dispositifs CICo, C3IV et JEI jusqu'en 2028 offrent une visibilité appréciable.
La réduction cumulée de 2,6 milliards d'euros sur France 2030 entre 2025 et 2026 envoie un signal préoccupant sur la continuité de la stratégie industrielle française. Lancé en grande pompe par Emmanuel Macron comme le fer de lance de la réindustrialisation, le programme voit ses ambitions revues à la baisse.
Pour France Digitale, il s'agit d'un « double coup » : ralentissement de l'investissement public et message négatif sur la continuité stratégique. Dans un contexte de concurrence européenne accrue, notamment avec l'Allemagne et les Pays-Bas qui renforcent leurs aides à l'innovation, la France risque de perdre en attractivité.
La restriction de l'IR-PME aux seules entreprises JEI crée un « effet ciseaux » pour les startups : celles qui réussissent et passent en phase de commercialisation perdent l'accès à ce levier de financement privé. Paradoxalement, c'est au moment où elles en ont le plus besoin pour leur scale-up que la porte se ferme.
Cette mesure intervient dans un contexte de ralentissement du financement des startups en 2025. Limiter l'accès à l'IR-PME pourrait accentuer les difficultés de levée de fonds pour les entreprises en croissance.
Melchior Bachelot, de France Digitale, dresse un constat mitigé : « Compte tenu des contraintes politiques, nous n'étions pas raisonnablement en position d'espérer davantage... le budget manque d'ambition au regard des besoins de l'écosystème innovation. »
L'organisation représentant plus de 2 000 startups françaises met en garde : « Demander aux jeunes entreprises innovantes de faire des efforts supplémentaires en 2026 sacrifierait tout un secteur de l'économie (plus de 16 000 startups responsables de la création de 1,45 million d'emplois) et la croissance limitée qui subsiste. »
Du côté gouvernemental, l'accent est mis sur la préservation : les projets France 2030 contractualisés sont honorés, les dispositifs JEI et CIR maintenus, de nouveaux statuts (JEII) créés. L'argumentaire officiel souligne que dans un contexte budgétaire contraint, l'innovation reste une priorité relative.
Les startups éligibles au statut JEI peuvent compter sur la stabilité de leur cadre fiscal jusqu'en 2028 au minimum. Le maintien du seuil à 20 % offre une sécurité pour les centaines d'entreprises qui se situaient entre 20 % et 25 % de dépenses R&D.
L'assouplissement des conditions BSPCE facilite la motivation des talents dans les structures de groupe, un enjeu crucial pour la croissance.
Les entreprises qui ne sont plus éligibles au statut JEI (moins de 20 % de R&D) perdent l'accès à l'IR-PME pour leurs levées de fonds. Elles devront se tourner vers d'autres mécanismes de financement : fonds d'investissement classiques, dette, ou reconsidérer leur allocation R&D pour retrouver l'éligibilité JEI.
Les porteurs de projets déjà labellisés France 2030 peuvent poursuivre leurs engagements. En revanche, les candidatures à de nouveaux appels à projets pourraient se heurter à une enveloppe budgétaire réduite. La priorité sera donnée aux projets les plus stratégiques.
Le Conseil constitutionnel, saisi les 4 et 5 février 2026, doit valider le budget dans les semaines à venir. Toute censure partielle pourrait modifier les dispositions fiscales décrites ici.
La mise en œuvre concrète des restrictions budgétaires de France 2030 sera suivie de près : quels secteurs seront prioritaires ? Quels appels à projets seront maintenus ou reportés ?
Enfin, le PLF 2027, dont la préparation débutera à l'été 2026, dira si la France maintient sa trajectoire de rigueur ou si une marge de manœuvre se dégage pour relancer l'investissement public dans l'innovation.
Dans un contexte européen où l'Allemagne déploie son « Digital Hub Initiative » et où les Pays-Bas renforcent leurs crédits d'impôt R&D, la France se trouve à un moment charnière : celui de confirmer ou non son ambition de devenir le leader européen de l'innovation.
Le PLF 2026 reflète les paradoxes de la situation budgétaire française : préserver l'essentiel tout en réduisant les marges. Pour l'écosystème startup, le verre est à la fois à moitié plein (JEI maintenu, dispositifs prolongés) et à moitié vide (France 2030 amputé, IR-PME restreint).
Si la stabilité fiscale à court terme est assurée jusqu'en 2028, la trajectoire à moyen terme reste incertaine. Entre contrainte budgétaire et ambition industrielle, le prochain PLF 2027 sera décisif pour l'avenir de la French Tech.
